The detailed information of tRNA gene sequence


Sequence ID>CHL090800050
Genome IDAP005672
Search identical group
Phylum/ClassViridiplantae
SpeciesPhyscomitrella patens subsp. patens
Start position on genome 56668
End posion on genome 54429
Amino Acid Lys
Anticodon TTT
Upstream region at tRNA start position 
caaaaaacaa
tRNA gene sequence 
GGGTTGCTAACTCAATGGTAGAGTACTCGGCTTTTAACCGACTAGCTCCGGGTTCGAGCC
CCGGGCAACCCAatg
Downstream region at tRNA end position 
aaatttgaat
Secondary structure (Cloverleaf model)
>CHL090800050	Lys	TTT
                   a      Aatg aaatttgaat
                     G - C
                     G - C
                     G - C
                     T - A
                     T - A
                     G - C
                     C - G          C G
                    T     G G C C C     A
        A A        A      | | | | |     G
      T     C T C A       C C G G G     C
      G     | | | |                 T T
      G     G A G T
        T A        A     TAGCT
                    C   C
                    T - A
                    C - G
                    G - C
                    G - C
                  C       A *
                  T       A
                    T T T
intron: position=39, length=2168 (in A-loop)
GTGCGACTAAGGAATTTTATACATTTAGATGAAATATTAAATTCATCCAAACCATTGACAGGGTTTGCAA
GACTACGACTAATCTCAAAGAGAAATTTGCCAGAAAAAATAGCATGTCGTTTCTCTTTTTTAATTAAGTC
GAAAAAATTAATGGATAAAGCTAAATGCTTGAATCAAAAGTAAAATCAGAAGAACGAGCTTCTATTCAAT
AAATTAATTTTGAATTCTTTGTATTAATTAAAAAGTTAAAATAAAATTAACAGTCAATATAAAAGAGGTT
TAACCTTATATATTTAAAAATAAGGTTATTTTTACTGAAAATGAATCCTAACTATTAAAAAAAATGTAAA
TAAATCACCAGTGTGCTGACTAAAAAAAACTTAAGTCAGGAGAGCAATCAATTTTTTTATTACAAAAAAA
AATTAAAGAAATTTTATTTTATAAGTAAAACTTTATTTAATTTTCTTTTAATAGATTGCAGTATATATTA
TTTTCTATTTGAAAAAGGTACTTATAAAAAAATATTATAAGAGCTATAACAAAAATTTTATCCGAAATGG
AAAAACTAAAAAAAAATAAAAAAAAACTTATATGGCAACAACGTTTTTTATATCCACTTTTATTTCAAAA
TGATTTTTACGCACTTGCTTATAATCATTCTTTAAATAAATTTAATTTAAAAAAAATAGAAAATTCTAAT
TTAAATAAACATTTTAGTTTTTTAACATTAAAACGTTTAGTTAAAAGAATCCGTCGAAAAAGAAATATAG
AAGAATTAAATAAAAATTATAATAAAATTTTTGATATTAATTACAACAATTATTTTTATTCAAAAGTAAT
TCGAGAAGGACTTGCTATAATTTTAGAAAATTTTTTTTTAGTACAATCAAAAAAAAAAATTGTAAAAAAA
TTTACTGAATGGACTAATTATCAATCTATTCATACTGTATTCCCTTTTATAGAAGATAATTTTTTACATT
CTAATTATATTCTAAATACAAAAATACCTTCTTTAATTCATCCAGAACTTCTGATACGAATTCTTCGTCG
ACGCATACAAGATGCTTCTTTTTCACATTTATTACGATTAATATTTCATAAAAATAAAAAGTTAGTTACT
TTAAATATTTTTTCTCAAAGAGAAATAACTAAATTATCAATATTTTTATGGCATTCTTATATTTATGAAT
TAGAATTTTTTTTAGTAAATCAATGGAAAACTTTAAATTACTTTAAATCATTGTCATATTTAATTTCACT
TAATAAAACATATTGTATTACAAAAATTCAACATGTTATTAAAAAACCCTTAGATATTAAATTACAATTT
TTTTATAAAAAAAAAATGTCTTTCCATTATGTAAGATATGAAAATCATTTTATTATAGCAATAAAAAACT
CCAATTTTTTAGCAGAAAAATGGAAATTTTTTTTTTATAAGTTTTGGCAATATTATTTTTACTATTTATT
TAAACTTTCTAGAATAAATTTAAAAAAAATTTCTAAAAACTGCTTTTCTTTTTTAGGATATGTTTTTGGT
ATTCAAACAAAAAGTATTATAGTTAAATCTAACATGATACATACTTTATCTAAAATAAATATTAGCAGAA
AAGAAATTTATTCTATTACTCCAATATCATCTTTAATTGAATTATTAGCTAAAGAAAACTTTTGTGATAC
TTTAGGGCACCCCATAAGTAAATTAGCTTGGACAACTTTAACAGATGATGAAATTTTTAATCGTTTTGAT
CAAATTTGGAGAAATTTTTTTTATTATTATAGTGGATGCAAAAATAAAAAAAACTTATATCAAGTACAAT
ACATACTTCGATTTTCTTGTGCTAAAACATTAGCGTGTAAACATAAAAGTACTATACGTTATGTTTGGAA
AAAGTATGGATCAAACTTTTTTGCAAAATCTTTTTTTTTTAAAAAACAAGAATTAATTAGCTTAAAATTT
TTTAAACTATATCCTTCGATAAAAAAAATTTGGTATCTTAATATTCTTCAAATAAATGCTTTAGCAAAAT
TATTGCAAAAAAAAATACTAAAAACAAATAGACTAAATATATAGAGAAAGCCGTGTGCAATAAAAGTTGC
AAGCACGGTTTGGGAAGAGATATTTTAATTTTTATTTTTTAAATAAAGTTAAAATCATCCACTTTCAT
Intron
Comment/Decision
Genome/Seq. Info.[ENA]

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