The detailed information of tRNA gene sequence


Sequence ID>CHL090800323
Genome IDX04465
Search identical group
Phylum/ClassViridiplantae
SpeciesMarchantia polymorpha
Start position on genome 26040
End posion on genome 28222
Amino Acid Lys
Anticodon TTT
Upstream region at tRNA start position 
ttttatttta
tRNA gene sequence 
GGGTTGCTAACTCAATGGTAGAGTACTCGGCTTTTAACCGACGAGTTCCGGGTTCGAGCC
CCGGGCAACCCtttt
Downstream region at tRNA end position 
ttttatttta
Secondary structure (Cloverleaf model)
>CHL090800323	Lys	TTT
                   a      tttt ttttatttta
                     G - C
                     G - C
                     G - C
                     T - A
                     T - A
                     G - C
                     C - G          C G
                    T     G G C C C     A
        A A        A      | | | | |     G
      T     C T C A       C C G G G     C
      G     | | | |                 T T
      G     G A G T
        T A        A     GAGTT
                    C   C
                    T - A
                    C - G
                    G - C
                    G - C
                  C       A *
                  T       A
                    T T T
intron: position=39, length=2111 (in A-loop)
GTGCGACTTGGATTTTTACACATTTAGATGAAATAAAAAATTCATCCATACCGTTGACAAGGTTTGTAAA
ACTACGACTAATCTTAAAAGGAAACTTTACAGAAAAAATAGCATGTCGTTTATTTTTTTTCATTCATTTT
TTTTAACTAAATAAAATTTCAATGAAAAATACAATAAGTCAATTAAAGTTAATGGATAAAGCTAAATTGC
TTAAATCATAGGTAAAAGAAGAACCAGCTTCTGTTTCAAATTTTTGAAATATTCTCTTGATTTATTTAAA
AAATTGTTAAAAGATTTTTAAACAGTCAATATATGAGAAAAATTCCTATTACTTTTTAGGTTTTTTACCA
AAAATGAATCCTAAACACTTTTTTAAATGTGTCTAGAAATAACCAGCATGCTGATTAATATAAATTTTTA
TTAAGTCAGGAGAACAATCAATTAAAAAAAATGTTTTTTTTTTTTTGTTTAAAAGATTGTACTATGTGTT
TATTCTTTTATATTTTACAAAATAATTAAATGAAAACTATACTAAAAGTTTTGCCTACTTTTGAAAAACA
AACAAACAAAAATTTTTGGAATAAACCATATATATATATATTTTTTTTTCAGGAAAATTTTTATGGAATT
GCATATAATCGTTTTATAAATAAAACCAATTATAAAAATTTTTTTTTTTTGGTTTAAAAAATAATTTTAA
TTTTTTGAAAATAAAACGACTTATAAAAAAAATACGTCAATTTGATTTTTTATTTATTTTTTCTAAAAAA
AAAAATTTTGTAAATATCAAAGAAGTTATAGTTATTATTTTGGATAATATTTTTACATTTGAATCAAAAA
AATCTTTTATTAAAAACAAAATAAAAAGTTATCAATCTATTCATTCTATATTTTCTTTTATGGAACATAG
AATTTATAATTCAAATTATTTTTTAGATATTACAATACCTTATTTTTTTCACCCTGAAATTCTAATTAGA
ATCTTTCGTCGGCATATTCAAGATATTCCATTTTTACATTTTTTGCGAACTCTTTTATATAAAAATAAAT
GTTTAAATATTTTAAATATAGAAAATTTTTTTTATTTGAAAAAAAATCAGTTTTTTTGTTTTTTATGGAA
TTTTTATATTTACGAATTTGAATATCTTTTAAATGATATATGGGAAAAATTTTATAAATTTGAGTCAGTA
TTTTTTTGGAATTTTATTGATAAAACAAATTCTATAAAAAAAATAAAACATATATTAAAAAAATCTAAAA
AACCGATTGAAAAAAAAATTGTAAAAAAAATAAGTTCCATTCATTATATCCGATATAAAAATAATTTGAT
TATAACTTTAAATGATAGAAATATTTTGATTTTGGAAAATTGGAAAGATTTTTTTCTTATTTTTTGGCAA
AAATATTTTAATGTTTGGTTTAAATCTTCTAGAATTTTAATTCAAAATTTTTATAAAAACTCATTTTCTT
TTTTAGGTTATATGTTTCGTATTGAAAGTCAAATTATTTTAATTCAAATTCAAATAATAAATTTATTAAG
AAATGTTAATTTAATTAAAAAAGAATTTTGTAGTATTATTCCAGTAATACCTTTAATTAGACTTTTAGCT
AAAGAAAAATTTTGTGATGTTTTAGGACGTCCACTTTGTAAATTATCTTGGACAACATTATCAGATAATG
AAATTTTTGAACGGTTTGATCAAATAATAAAACATATTTTTAGTTATTATAGTGGATGTATTAATAAAAA
AGGTTTATATCAATTACAATATATTTTCCGATTTTCTTGTGCTAAAACATTAGCATGTAAACATAAAAGC
ACAATACGCACTGTTTGGAAAAAATATGGTTCAAATTTATTAACAAGTTCTATTTTTTTTAATAAAACAA
AATTAATTTCTTTAAATTTTTCTAATAAAAATCCTTACAAAAAAAATTTTTGGTATTTAAATATTATTCA
AGTAAATTACTTAGCACATTCATTACAAAAAAGTAAATTATTAAAAGAATAAAAAAACATAGAGAAAGCC
GTATGCAGTAAAAATTGCAAGTACGGTTTGGGAAGAGATGATTTTATTTTTATTGAAAAAAAAATTATTT
ATCTACTTCAT
Intron
Comment/Decision
Genome/Seq. Info.[ENA]

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