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tRNADB-CE
: tRNA gene database curated manually by experts
Takashi Abe
1
, Toshimichi Ikemura
2
, Junichi Sugahara
3
, Akio Kanai
3
, Yasuo Ohara
2
, Hiroshi Uehara
2
, Makoto Kinouchi
4
,
Shigehiko Kanaya
5
, Yuko Yamada
1
, Akira Muto
6
, Yo Kikuchi
1
, Hachiro Inokuchi
1
1
. Niigata Univ.,
2
. Nagahama Inst. of Bio-Sci. and Tech.,
3
. Keio Univ.,
4
. Yamagata Univ.,
5
. NAIST,
6
. Hirosaki Univ.
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HOW TO USE
tRNA gene List
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
HIT:
133 sequence(s).
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The reliable tRNA genes
All candidate tRNA genes
Select
Sequence ID
Genome ID
(or Accession No.)
Phylum/Class
(Sample source for ENV)
Species
Start
End
Direction
AA
Anticodon
Genome/Seq. Info.
Decision
>WENV181119612
OEFI01002419
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
2
75
+
Lys
CTT
[ENA]
¡û
>WENV181119537
OEFI01000113
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
5
78
+
Glu
CTC
[ENA]
¡û
>WENV181119620
OEFI01003469
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
7
80
+
Lys
TTT
[ENA]
¡û
>WENV181119554
OEFI01000263
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
23
111
+
Leu
TAA
[ENA]
¡û
>WENV181119630
OEFI01010481
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
37
123
+
Leu
GAG
[ENA]
¡û
>WENV181119604
OEFI01001010
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
88
-1
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>WENV181119640
OEFI01015336
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
90
14
-
fMet
CAT
[ENA]
¡û
>WENV181119625
OEFI01005877
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
93
19
-
Lys
CTT
[ENA]
¡û
>WENV181119555
OEFI01000263
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
124
200
+
Arg
ACG
[ENA]
¡û
>WENV181119636
OEFI01012390
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
129
211
+
Val
TAC
[ENA]
¡û
>WENV181119634
OEFI01011211
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
139
65
-
Arg
TCT
[ENA]
¡û
>WENV181119631
OEFI01010481
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
146
219
+
Gly
TCC
[ENA]
¡û
>WENV181119533
OEFI01000092
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
153
82
-
Cys
GCA
[ENA]
¡û
>WENV181119633
OEFI01010719
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
156
82
-
Phe
GAA
[ENA]
¡û
>WENV181119629
OEFI01008925
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
159
77
-
Tyr
GTA
[ENA]
¡û
>WENV181119597
OEFI01000860
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
161
91
-
Val
TAC
[ENA]
¡û
>WENV181119637
OEFI01013115
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
164
91
-
Asn
GTT
[ENA]
¡û
>WENV181119624
OEFI01004395
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
166
92
-
Gly
GCC
[ENA]
¡û
>WENV181119639
OEFI01014964
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
166
94
-
Gln
CTG
[ENA]
¡û
>WENV181119635
OEFI01011412
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
170
243
+
Lys
TTT
[ENA]
¡û
>WENV181119627
OEFI01006333
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
186
260
+
Asp
GTC
[ENA]
¡û
>WENV181119611
OEFI01002360
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
187
112
-
Thr
CGT
[ENA]
¡û
>WENV181119638
OEFI01013278
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
217
144
-
Asn
GTT
[ENA]
¡û
>WENV181119556
OEFI01000263
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
227
301
+
Pro
TGG
[ENA]
¡û
>WENV181119528
OEFI01000084
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
240
168
-
Gln
CTG
[ENA]
¡û
>WENV181119628
OEFI01006743
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
244
331
+
Ser
GCT
[ENA]
¡û
>WENV181119632
OEFI01010719
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
252
176
-
Asp
GTC
[ENA]
¡û
>WENV181119623
OEFI01004395
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
258
184
-
Lys
TTT
[ENA]
¡û
>WENV181119532
OEFI01000092
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
259
184
-
Gly
GCC
[ENA]
¡û
>WENV181119517
OEFI01000013
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
287
215
-
Val
CAC
[ENA]
¡û
>WENV181119626
OEFI01005988
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
288
362
+
fMet
CAT
[ENA]
¡û
>WENV181119525
OEFI01000066
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
289
364
+
Trp
CCA
[ENA]
¡û
>WENV181119538
OEFI01000113
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
304
377
+
Glu
CTC
[ENA]
¡û
>WENV181119609
OEFI01002020
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
305
389
+
Leu
TAG
[ENA]
¡û
>WENV181119557
OEFI01000263
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
315
390
+
Ala
TGC
[ENA]
¡û
>WENV181119615
OEFI01002716
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
335
245
-
Ser
GCT
[ENA]
¡û
>WENV181119622
OEFI01004395
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
339
264
-
Thr
TGT
[ENA]
¡û
>WENV181119531
OEFI01000092
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
369
297
-
Val
GAC
[ENA]
¡û
>WENV181119613
OEFI01002591
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
378
303
-
Arg
TCT
[ENA]
¡û
>WENV181119617
OEFI01003274
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
400
474
+
Glu
TTC
[ENA]
¡û
>WENV181119619
OEFI01003440
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
410
483
+
Trp
CCA
[ENA]
¡û
>WENV181119614
OEFI01002716
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
412
338
-
Asn
GTT
[ENA]
¡û
>WENV181119621
OEFI01004395
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
421
346
-
Val
TAC
[ENA]
¡û
>WENV181119559
OEFI01000283
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
422
497
+
Glu
TTC
[ENA]
¡û
>WENV181119552
OEFI01000215
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
444
360
-
Ser
TGA
[ENA]
¡û
>WENV181119582
OEFI01000536
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
465
539
+
Leu
CAA
[ENA]
¡û
>WENV181119618
OEFI01003274
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
480
555
+
Asp
GTC
[ENA]
¡û
>WENV181119530
OEFI01000092
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
498
423
-
Gly
GCC
[ENA]
¡û
>WENV181119567
OEFI01000320
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
508
434
-
Leu
CAA
[ENA]
¡û
>WENV181119585
OEFI01000587
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
513
441
-
Gln
TTG
[ENA]
¡û
>WENV181119605
OEFI01001114
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
516
443
-
Arg
TCT
[ENA]
¡û
>WENV181119560
OEFI01000283
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
533
607
+
Asp
GTC
[ENA]
¡û
>WENV181119551
OEFI01000215
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
575
493
-
Tyr
GTA
[ENA]
¡û
>WENV181119596
OEFI01000859
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
579
509
-
Met
CAT
[ENA]
¡û
>WENV181119521
OEFI01000036
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
583
511
-
Gly
TCC
[ENA]
¡û
>WENV181119616
OEFI01002849
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
605
680
+
Thr
CGT
[ENA]
¡û
>WENV181119514
OEFI01000013
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
678
753
+
Gly
GCC
[ENA]
¡û
>WENV181119606
OEFI01001594
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
684
778
+
SeC
TCA
[ENA]
¡û
>WENV181119520
OEFI01000036
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
725
801
+
Pro
TGG
[ENA]
¡û
>WENV181119598
OEFI01000878
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
726
801
+
Glu
CTC
[ENA]
¡û
>WENV181119550
OEFI01000215
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
741
667
-
Ala
TGC
[ENA]
¡û
>WENV181119529
OEFI01000092
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
755
829
+
Val
CAC
[ENA]
¡û
>WENV181119515
OEFI01000013
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
770
841
+
Cys
GCA
[ENA]
¡û
>WENV181119561
OEFI01000283
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
797
871
+
Asp
GTC
[ENA]
¡û
>WENV181119516
OEFI01000013
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
859
933
+
Val
GAC
[ENA]
¡û
>WENV181119546
OEFI01000209
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
865
792
-
Gly
CCC
[ENA]
¡û
>WENV181119610
OEFI01002167
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
875
802
-
Thr
TGT
[ENA]
¡û
>WENV181119562
OEFI01000283
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
890
963
+
Phe
GAA
[ENA]
¡û
>WENV181119608
OEFI01001886
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
932
1005
+
fMet
CAT
[ENA]
¡û
>WENV181119518
OEFI01000014
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
963
1051
+
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>WENV181119558
OEFI01000277
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
964
1036
+
Gln
TTG
[ENA]
¡û
>WENV181119607
OEFI01001744
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
981
1065
+
Leu
CAG
[ENA]
¡û
>WENV181119583
OEFI01000544
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
989
916
-
Ala
GGC
[ENA]
¡û
>WENV181119544
OEFI01000187
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
1045
1118
+
Gly
CCC
[ENA]
¡û
>WENV181119572
OEFI01000424
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
1051
1125
+
Leu
TAA
[ENA]
¡û
>WENV181119586
OEFI01000591
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
1055
969
-
Leu
GAG
[ENA]
¡û
>WENV181119588
OEFI01000674
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
1102
1186
+
Leu
TAG
[ENA]
¡û
>WENV181119570
OEFI01000375
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
1144
1068
-
Pro
CGG
[ENA]
¡û
>WENV181119589
OEFI01000674
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
1283
1358
+
Arg
TCG
[ENA]
¡û
>WENV181119580
OEFI01000524
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
1324
1250
-
Leu
CAA
[ENA]
¡û
>WENV181119593
OEFI01000820
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
1517
1445
-
Gln
TTG
[ENA]
¡û
>WENV181119591
OEFI01000749
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
1567
1494
-
Lys
CTT
[ENA]
¡û
>WENV181119603
OEFI01000968
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
1663
1751
+
Ser
TGA
[ENA]
¡û
>WENV181119542
OEFI01000146
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
1834
1761
-
Ala
GGC
[ENA]
¡û
>WENV181119601
OEFI01000895
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
1847
1774
-
Trp
CCA
[ENA]
¡û
>WENV181119592
OEFI01000805
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
1930
2003
+
Asn
GTT
[ENA]
¡û
>WENV181119602
OEFI01000964
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
2012
1939
-
Arg
ACG
[ENA]
¡û
>WENV181119600
OEFI01000895
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
2056
1983
-
Met
CAT
[ENA]
¡û
>WENV181119595
OEFI01000859
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
2167
2240
+
His
GTG
[ENA]
¡û
>WENV181119587
OEFI01000636
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
2176
2103
-
Asp
GTC
[ENA]
¡û
>WENV181119599
OEFI01000895
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
2180
2105
-
Thr
GGT
[ENA]
¡û
>WENV181119594
OEFI01000826
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
2203
2291
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>WENV181119584
OEFI01000580
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
2240
2315
+
Leu
TAA
[ENA]
¡û
>WENV181119579
OEFI01000502
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
2254
2180
-
Gly
TCC
[ENA]
¡û
>WENV181119590
OEFI01000749
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
2297
2224
-
His
GTG
[ENA]
¡û
>WENV181119568
OEFI01000366
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
2392
2468
+
Ile
GAT
[ENA]
¡û
>WENV181119535
OEFI01000096
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
2439
2365
-
Ile2
CAT
[ENA]
¡û
>WENV181119569
OEFI01000366
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
2495
2568
+
Ala
TGC
[ENA]
¡û
>WENV181119571
OEFI01000418
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
3081
3007
-
Ile2
CAT
[ENA]
¡û
>WENV181119547
OEFI01000215
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
3097
3172
+
Lys
TTT
[ENA]
¡û
>WENV181119573
OEFI01000426
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
3338
3420
+
Tyr
GTA
[ENA]
¡û
>WENV181119539
OEFI01000127
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
3352
3265
-
Leu
CAG
[ENA]
¡û
>WENV181119578
OEFI01000502
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
3359
3433
+
Pro
TGG
[ENA]
¡û
>WENV181119549
OEFI01000215
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
3511
3438
-
Thr
TGT
[ENA]
¡û
>WENV181119581
OEFI01000528
[OEFI] human metagenome; G_DNA_Anterior nares
3553
3466
-
Ser
TGA
[ENA]
¡û
>WENV181119543
OEFI01000149
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GAG
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GGT
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-
Ile2
CAT
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¡û
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¡û
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Sequence ID
Genome ID
(or Accession No.)
Phylum/Class
(Sample source for ENV)
Species
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AA
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Genome/Seq. Info.
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