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tRNADB-CE
: tRNA gene database curated manually by experts
Takashi Abe
1
, Toshimichi Ikemura
2
, Junichi Sugahara
3
, Akio Kanai
3
, Yasuo Ohara
2
, Hiroshi Uehara
2
, Makoto Kinouchi
4
,
Shigehiko Kanaya
5
, Yuko Yamada
1
, Akira Muto
6
, Yo Kikuchi
1
, Hachiro Inokuchi
1
1
. Niigata Univ.,
2
. Nagahama Inst. of Bio-Sci. and Tech.,
3
. Keio Univ.,
4
. Yamagata Univ.,
5
. NAIST,
6
. Hirosaki Univ.
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HOW TO USE
tRNA genes clustered and arranged according to each identical group
HIT:
1 Group(s).
Download Sequence
Representative sequence of each cluster
View ClustalW result
Sort by Identical group No.
Sort by the number of tRNAs in the Identical group
Select
Sequence ID
Genome ID
(or Accession No.)
Phylum/Class
(Sample source for ENV)
Species
Start
End
Direction
AA
Anticodon
Genome/Seq. Info.
Decision
Identical group No.23599 (97 seq.)
>W131010930
AHYV01000050
Bacillota
Enterococcus avium ATCC 14025 [AHYV]
99628
99538
-
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W131027499
AJAK01000004
Bacillota
Enterococcus malodoratus ATCC 43197 [AJAK]
5055
5145
+
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W131027568
AJAL01000007
Bacillota
Enterococcus raffinosus ATCC 49464 [AJAL]
123788
123698
-
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W131031991
AJDQ01000007
Bacillota
Enterococcus gilvus ATCC BAA-350 [AJDQ]
396566
396656
+
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W1711096533
LTHV01000144
Bacillota
Enterococcus sp. HMSC072H05 [LTHV]
140
50
-
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W1711099526
LTKO01000126
Bacillota
Enterococcus sp. HMSC064A12 [LTKO]
94792
94702
-
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W1711108395
LTTS01000080
Bacillota
Enterococcus sp. HMSC066C04 [LTTS]
486
396
-
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W1711114912
LTZR01000181
Bacillota
Enterococcus sp. HMSC14A10 [LTZR]
139
49
-
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W1711186721
LWOL01000093
Bacillota
Enterococcus sp. HMSC05C03 [LWOL]
21990
21900
-
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W1711187024
LWOS01000074
Bacillota
Enterococcus sp. HMSC29A04 [LWOS]
484
394
-
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W131201310
ASWA01000001
Bacillota
Enterococcus malodoratus ATCC 43197 [ASWA]
272
362
+
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W131201674
ASWF01000006
Bacillota
Enterococcus raffinosus ATCC 49464 [ASWF]
939
1029
+
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W131201811
ASWH01000001
Bacillota
Enterococcus gilvus ATCC BAA-350 [ASWH]
1770887
1770797
-
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W131202030
ASWL01000008
Bacillota
Enterococcus avium ATCC 14025 [ASWL]
849
939
+
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W1712067861
NGLG01000001
Bacillota
Enterococcus sp. 3H8_DIV0648 [NGLG]
1278557
1278467
-
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W1712068842
NGLY01000001
Bacillota
Enterococcus sp. 12E11_DIV0728 [NGLY]
814140
814230
+
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W1712096895
NIBK01000001
Bacillota
Enterococcus sp. 12F9_DIV0723 [NIBK]
1966978
1966888
-
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>WENV180146274
OAUF01000102
[OAUF] human gut metagenome; faeces
94820
94730
-
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>WENV180163472
OAVH01028027
[OAVH] human gut metagenome; faeces
161
71
-
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>WENV180406854
OBUQ01000100
[OBUQ] human gut metagenome; faeces
121647
121557
-
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>WENV180442233
OBWW01021861
[OBWW] human gut metagenome; faeces
485
575
+
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>WENV180483106
OBZH01000135
[OBZH] human gut metagenome; faeces
104
194
+
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>WENV182799948
OJTY01000033
[OJTY] human gut metagenome; human gut
103
193
+
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>WENV182818799
OJZY01002452
[OJZY] human gut metagenome; human gut
728
818
+
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>WENV170540847
CWHL01000193
[CWHL] human gut metagenome; ENVO:feces
79
169
+
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>WENV170541347
CXPN01000564
[CXPN] human gut metagenome genome assembly hA5, contig hA5_contig005349.; ENVO:feces
466
556
+
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>WENV170541682
CXPR01002509
[CXPR] human gut metagenome genome assembly hA9, contig hA9_contig006182.; ENVO:feces
142
52
-
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>WENV170542931
CXQK01003433
[CXQK] human gut metagenome genome assembly hC5, contig hC5_contig005179.; ENVO:feces
525
435
-
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>C181194600
CP030932
Bacillota
Enterococcus gilvus CR1 [CP030932]
1337855
1337765
-
Ser
GGA
-
¡û
>C191120821
CP034169
Bacillota
Enterococcus avium 352 [CP034169]
3253174
3253084
-
Ser
GGA
-
¡û
>W1910177596
BJDW01000002
Bacillota
Enterococcus viikkiensis LMG 26075 [BJDW]
224246
224156
-
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W1911084073
NNBZ01000001
Bacillota
Enterococcus pseudoavium CBA7133 [NNBZ]
1123433
1123343
-
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W1810045327
NBSL01000002
Bacillota
Enterococcus avium FDAARGOS_182 [NBSL]
940994
941084
+
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W1810045391
NBSM01000001
Bacillota
Enterococcus avium FDAARGOS_180 [NBSM]
138920
139010
+
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W1810817915
QSCV01000033
Bacillota
Enterococcus avium OF02-3AC [QSCV]
50296
50206
-
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W2010090973
BJDW01000002
Bacillota
Enterococcus viikkiensis LMG 26075 [BJDW]
224246
224156
-
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W2010160278
CAAKOH010000105
Bacillota
Enterococcus avium [CAAKOH]
79
169
+
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W2010214129
CABHNH010000035
Bacillota
Enterococcus avium [CABHNH]
96114
96024
-
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W2010214546
CABHNP010000006
Bacillota
Enterococcus avium [CABHNP]
434
524
+
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W2010277230
CABLCA020000019
Bacillota
Enterococcus raffinosus [CABLCA]
1182
1272
+
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W2010278266
CABMET010000033
Bacillota
Enterococcus avium [CABMET]
50296
50206
-
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W2011007381
NNBZ01000001
Bacillota
Enterococcus pseudoavium CBA7133 [NNBZ]
1123433
1123343
-
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W2011188161
PDXQ01000001
Bacillota
Enterococcus avium FDAARGOS_185 [PDXQ]
1753456
1753366
-
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W2011188223
PDXR01000001
Bacillota
Enterococcus avium FDAARGOS_183 [PDXR]
3162567
3162657
+
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W2011320341
QWLG01000003
Bacillota
Enterococcus asini J2 [QWLG]
168818
168728
-
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W2011342682
QYNP01000015
Bacillota
Enterococcus sp. T0101B.F-10 [QYNP]
209
299
+
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W2011452537
RKPN01000164
Bacillota
Enterococcus avium P18 C A7 [RKPN]
258
348
+
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W2011509837
RYZS01000001
Bacillota
Enterococcus avium LC0559/18 [RYZS]
1894267
1894357
+
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W2011553596
SDXR01000030
Bacillota
Enterococcus avium B6 [SDXR]
41312
41222
-
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W2011668403
SPGL01000046
Bacillota
Enterococcus avium 1001175st1_D6 [SPGL]
213
303
+
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W2011760119
UARP01000002
Bacillota
Enterococcus malodoratus NCTC12366 [UARP]
474935
474845
-
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W2011821720
UFXU01000001
Bacillota
Enterococcus malodoratus NCTC12365 [UFXU]
1387652
1387562
-
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W2011825709
UGIH01000004
Bacillota
Enterococcus avium NCTC9938 [UGIH]
393830
393740
-
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W2012407868
WOUC01000085
Bacillota
Enterococcus avium APC2847 [WOUC]
1334
1244
-
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W2012407934
WOUD01000069
Bacillota
Enterococcus avium APC2848 [WOUD]
19062
18972
-
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W2012407995
WOUE01000064
Bacillota
Enterococcus avium APC2849 [WOUE]
19061
18971
-
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W2012481638
WWRN01000170
Bacillota
Enterococcus avium BIOML-A4 [WWRN]
235
325
+
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W2012481679
WWRO01000172
Bacillota
Enterococcus avium BIOML-A3 [WWRO]
235
325
+
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W2012481735
WWRP01000173
Bacillota
Enterococcus avium BIOML-A2 [WWRP]
235
325
+
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W2012481795
WWRQ01000174
Bacillota
Enterococcus avium BIOML-A1 [WWRQ]
235
325
+
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W2012499939
WXOO01000001
Bacillota
Enterococcus raffinosus BIOML-A1 [WXOO]
121693
121603
-
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W2110074873
CABGUH010000099
Bacillota
Enterococcus avium 4928STDY7071631 [CABGUH]
440
530
+
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W2110157895
JAASHU010000034
Bacillota
Enterococcus sp. K18_3 [JAASHU]
125
215
+
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W2110353485
JADNJH010000046
Bacillota
Enterococcus avium 1001175B_160314_D6 [JADNJH]
213
303
+
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W2110365164
JADPBC010000026
Bacillota
Enterococcus avium BSD2780061687b_171204_B3 [JADPBC]
213
303
+
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W2110366877
JADPDV010000018
Bacillota
Enterococcus avium J1101653_170612_D1 [JADPDV]
209
299
+
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W2110462424
JAFBFE010000014
Bacillota
Enterococcus xiangfangensis DSM 105127 [JAFBFE]
44843
44753
-
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W2110512825
JAFLVR010000080
Bacillota
Enterococcus sp. MJM16 [JAFLVR]
56010
55920
-
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W2110512954
JAFLVW010000025
Bacillota
Enterococcus hulanensis DIV0645b [JAFLVW]
137092
137002
-
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W2110620550
JAHLOS010000033
Bacillota
Enterococcus raffinosus N17 [JAHLOS]
420
510
+
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W2110620677
JAHLOU010000033
Bacillota
Enterococcus avium N9 [JAHLOU]
251
341
+
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W2110620748
JAHLOV010000003
Bacillota
Enterococcus devriesei N6 [JAHLOV]
248
338
+
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>C201004488
AP019814
Bacillota
Enterococcus avium G-15 [AP019814]
1554742
1554832
+
Ser
GGA
-
¡û
>W2110727251
JAJCJG010000167
Bacillota
Enterococcus avium DFI.7.74 [JAJCJG]
431
521
+
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W2110730538
JAJCNM010000145
Bacillota
Enterococcus avium DFI.2.81 [JAJCNM]
103
193
+
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>C211388381
CP081846
Bacillota
Enterococcus raffinosus CX012922 [CP081846]
1642696
1642606
-
Ser
GGA
-
¡û
>C231490751
CP104392
Bacillota
Enterococcus raffinosus HG-5 [CP104392]
1477424
1477514
+
Ser
GGA
-
¡û
>C231498011
CP104762
Bacillota
Enterococcus raffinosus ATCC 49464 [CP104762]
1843733
1843643
-
Ser
GGA
-
¡û
>C231498040
CP104764
Bacillota
Enterococcus raffinosus Er676 [CP104764]
1506794
1506884
+
Ser
GGA
-
¡û
>W2110775742
VODK01000068
Bacillota
Enterococcus avium L8 [VODK]
152
242
+
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>C241026845
CP024590
Bacillota
Enterococcus avium FDAARGOS_184 [CP024590]
129476
129566
+
Ser
GGA
-
¡û
>W2130011096
JAASJS010000035
Bacillota
Enterococcus gilvus K61 [JAASJS]
38546
38456
-
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W1511440763
JUPQ01000507
Bacillota
Enterococcus hirae 877_EHIR [JUPQ]
78
168
+
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W1511447839
JUZB01000194
Bacillota
Enterococcus avium 639_EFCM [JUZB]
140
50
-
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W1610021441
ATKJ02000019
Bacillota
Enterococcus raffinosus cftri2200 [ATKJ]
1182
1272
+
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W1610066516
BCPU01000036
Bacillota
Enterococcus raffinosus NBRC 100492 [BCPU]
35782
35692
-
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W1610067001
BCQF01000044
Bacillota
Enterococcus pseudoavium NBRC 100491 [BCQF]
10154
10064
-
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W1610462476
FKLT01000101
Bacillota
Enterococcus faecium [FKLT]
21573
21483
-
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W1710018136
ATKJ02000019
Bacillota
Enterococcus raffinosus cftri2200 [ATKJ]
1182
1272
+
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W1710063854
BCPU01000036
Bacillota
Enterococcus raffinosus NBRC 100492 [BCPU]
35782
35692
-
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W1710064432
BCQF01000044
Bacillota
Enterococcus pseudoavium NBRC 100491 [BCQF]
10154
10064
-
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W1710461646
FKLT01000101
Bacillota
Enterococcus faecium [FKLT]
21573
21483
-
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W1710553502
FOHR01000005
Bacillota
Enterococcus malodoratus kppr-6 [FOHR]
228134
228044
-
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W1710659141
JXKF01000157
Bacillota
Enterococcus avium [JXKF]
483
393
-
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W1710659288
JXKM01000040
Bacillota
Enterococcus devriesei [JXKM]
66
156
+
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W1710659375
JXKO01000076
Bacillota
Enterococcus gilvus [JXKO]
486
396
-
Ser
GGA
[ENA]
¡û
>W1710659570
JXKU01000013
Bacillota
Enterococcus malodoratus [JXKU]
81837
81927
+
Ser
GGA
[ENA]
¡û
Select
Sequence ID
Genome ID
(or Accession No.)
Phylum/Class
(Sample source for ENV)
Species
Start
End
Direction
AA
Anticodon
Genome/Seq. Info.
Decision
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Representative sequence of each cluster
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