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tRNADB-CE
: tRNA gene database curated manually by experts
Takashi Abe
1
, Toshimichi Ikemura
2
, Junichi Sugahara
3
, Akio Kanai
3
, Yasuo Ohara
2
, Hiroshi Uehara
2
, Makoto Kinouchi
4
,
Shigehiko Kanaya
5
, Yuko Yamada
1
, Akira Muto
6
, Yo Kikuchi
1
, Hachiro Inokuchi
1
1
. Niigata Univ.,
2
. Nagahama Inst. of Bio-Sci. and Tech.,
3
. Keio Univ.,
4
. Yamagata Univ.,
5
. NAIST,
6
. Hirosaki Univ.
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HOW TO USE
tRNA genes clustered and arranged according to each identical group
HIT:
1 Group(s).
Download Sequence
Representative sequence of each cluster
View ClustalW result
Sort by Identical group No.
Sort by the number of tRNAs in the Identical group
Select
Sequence ID
Genome ID
(or Accession No.)
Phylum/Class
(Sample source for ENV)
Species
Start
End
Direction
AA
Anticodon
Genome/Seq. Info.
Decision
Identical group No.35563 (138 seq.)
>W1710931945
LOHT01000306
Bacillota
Enterococcus faecium [LOHT]
8420
8333
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W1711077695
LSMC01000006
Bacillota
Enterococcus mundtii [LSMC]
17768
17681
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W1711096523
LTHV01000054
Bacillota
Enterococcus sp. HMSC072H05 [LTHV]
2464
2377
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W1711099517
LTKO01000045
Bacillota
Enterococcus sp. HMSC064A12 [LTKO]
65903
65990
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W1711108386
LTTS01000029
Bacillota
Enterococcus sp. HMSC066C04 [LTTS]
6756
6843
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W1711114899
LTZR01000129
Bacillota
Enterococcus sp. HMSC14A10 [LTZR]
6756
6843
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W1711186713
LWOL01000006
Bacillota
Enterococcus sp. HMSC05C03 [LWOL]
2495
2408
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W1711187044
LWOS01000134
Bacillota
Enterococcus sp. HMSC29A04 [LWOS]
6754
6841
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W1711708541
MSTR01000001
Bacillota
Enterococcus mundtii [MSTR]
392113
392200
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W1712067859
NGLG01000001
Bacillota
Enterococcus sp. 3H8_DIV0648 [NGLG]
1305574
1305487
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W1712069670
NGMO01000001
Bacillota
Enterococcus sp. 10A9_DIV0425 [NGMO]
754329
754242
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W131010928
AHYV01000047
Bacillota
Enterococcus avium ATCC 14025 [AHYV]
66069
66156
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W131027599
AJAL01000016
Bacillota
Enterococcus raffinosus ATCC 49464 [AJAL]
7316
7403
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W131201665
ASWF01000003
Bacillota
Enterococcus raffinosus ATCC 49464 [ASWF]
976614
976701
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W131202007
ASWL01000003
Bacillota
Enterococcus avium ATCC 14025 [ASWL]
641071
641158
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>WENV180146405
OAUF01000289
[OAUF] human gut metagenome; faeces
22989
23076
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>WENV180163203
OAVH01002081
[OAVH] human gut metagenome; faeces
7303
7390
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>WENV180175204
OAWB01021631
[OAWB] human gut metagenome; faeces
31
118
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>WENV180407152
OBUQ01000519
[OBUQ] human gut metagenome; faeces
21055
20968
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>WENV180442000
OBWW01005299
[OBWW] human gut metagenome; faeces
1692
1779
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>WENV180483074
OBZH01000107
[OBZH] human gut metagenome; faeces
65966
66053
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>WENV182401702
OIER01007420
[OIER] human gut metagenome; human gut
1203
1116
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>WENV182799965
OJTY01000046
[OJTY] human gut metagenome; human gut
2485
2398
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>WENV182800583
OJUF01000028
[OJUF] human gut metagenome; human gut
2485
2398
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>WENV182807656
OJVY01000071
[OJVY] human gut metagenome; human gut
57257
57344
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>WENV182807805
OJVZ01005512
[OJVZ] human gut metagenome; human gut
81
168
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>WENV182812383
OJXS01000568
[OJXS] human gut metagenome; human gut
2485
2398
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>WENV182812738
OJXU01005963
[OJXU] human gut metagenome; human gut
157
244
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>WENV182818795
OJZY01001550
[OJZY] human gut metagenome; human gut
485
572
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>WENV182823258
OKBS01001602
[OKBS] human gut metagenome; human gut
2315
2228
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>WENV182845207
OKJA01000310
[OKJA] human gut metagenome; human gut
7260
7347
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>WENV182845492
OKJD01002040
[OKJD] human gut metagenome; human gut
248
161
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>WENV182848601
OKKI01000445
[OKKI] human gut metagenome; human gut
839
926
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>WENV182849123
OKKN01001075
[OKKN] human gut metagenome; human gut
772
859
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>WENV182862175
OKPK01000055
[OKPK] human gut metagenome; human gut
57257
57344
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>WENV182863749
OKPU01001340
[OKPU] human gut metagenome; human gut
1282
1195
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>WENV182938344
OKVD01003646
[OKVD] human gut metagenome; human gut
886
973
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>WENV182952019
OKVV01001055
[OKVV] human gut metagenome; human gut
7253
7340
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>WENV182953166
OKVX01013206
[OKVX] human gut metagenome; human gut
516
429
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>WENV182963032
OKWP01000098
[OKWP] human gut metagenome; stool
57249
57336
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>WENV183238567
OLQZ01000355
[OLQZ] human gut metagenome; faeces
2485
2398
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>WENV183780795
PPYF01182723
[PPYF] human gut metagenome; stool from patient with Crohn's disease
782
869
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W141383560
JDFT01000003
Bacillota
Enterococcus mundtii CRL35 [JDFT]
87757
87670
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>WENV170540000
CWGS01000015
[CWGS] human gut metagenome; ENVO:feces
22967
23054
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>WENV170540563
CWHE01000120
[CWHE] human gut metagenome; ENVO:feces
46841
46928
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>WENV170540845
CWHL01000160
[CWHL] human gut metagenome; ENVO:feces
15648
15735
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>WENV170541360
CXPN01001027
[CXPN] human gut metagenome genome assembly hA5, contig hA5_contig005349.; ENVO:feces
468
555
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>WENV170541645
CXPR01000738
[CXPR] human gut metagenome genome assembly hA9, contig hA9_contig006182.; ENVO:feces
472
559
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>C191120818
CP034169
Bacillota
Enterococcus avium 352 [CP034169]
3280273
3280186
-
Ser
CGA
-
¡û
>W1910177629
BJDW01000032
Bacillota
Enterococcus viikkiensis LMG 26075 [BJDW]
5204
5291
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W1910177967
BJED01000012
Bacillota
Enterococcus sp. 190-7 [BJED]
1741
1654
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W1911084070
NNBZ01000001
Bacillota
Enterococcus pseudoavium CBA7133 [NNBZ]
1145090
1145003
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W1810045324
NBSL01000002
Bacillota
Enterococcus avium FDAARGOS_182 [NBSL]
913699
913786
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W1810045388
NBSM01000001
Bacillota
Enterococcus avium FDAARGOS_180 [NBSM]
111817
111904
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W1810311661
PTUS01000038
Bacillota
Enterococcus mundtii CVM N59820F [PTUS]
18104
18017
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W1810314099
PTWL01000069
Bacillota
Enterococcus durans CVM N59549F [PTWL]
22677
22764
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W1810817931
QSCV01000055
Bacillota
Enterococcus avium OF02-3AC [QSCV]
2483
2396
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2010091006
BJDW01000032
Bacillota
Enterococcus viikkiensis LMG 26075 [BJDW]
5204
5291
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2010091344
BJED01000012
Bacillota
Enterococcus sp. 190-7 [BJED]
1741
1654
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2010159972
CAAKNX010000025
Bacillota
Enterococcus avium [CAAKNX]
46841
46928
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2010160149
CAAKOC010000057
Bacillota
Enterococcus avium [CAAKOC]
22967
23054
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2010160276
CAAKOH010000069
Bacillota
Enterococcus avium [CAAKOH]
15648
15735
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2010214163
CABHNH010000060
Bacillota
Enterococcus avium [CABHNH]
22288
22201
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2010214558
CABHNP010000008
Bacillota
Enterococcus avium [CABHNP]
22288
22201
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2010277253
CABLCA020000123
Bacillota
Enterococcus raffinosus [CABLCA]
2079
2166
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2010278282
CABMET010000055
Bacillota
Enterococcus avium [CABMET]
2483
2396
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2010287466
CABMMO010000001
Bacillota
Enterococcus mundtii [CABMMO]
392113
392200
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2011007378
NNBZ01000001
Bacillota
Enterococcus pseudoavium CBA7133 [NNBZ]
1145090
1145003
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2011188158
PDXQ01000001
Bacillota
Enterococcus avium FDAARGOS_185 [PDXQ]
1782089
1782002
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2011188220
PDXR01000001
Bacillota
Enterococcus avium FDAARGOS_183 [PDXR]
3135272
3135359
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2011284836
QPTY01000061
Bacillota
Enterococcus sp. VV15 [QPTY]
1432
1345
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2011342697
QYNP01000022
Bacillota
Enterococcus sp. T0101B.F-10 [QYNP]
2507
2420
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2011452163
RKNR01000010
Bacillota
Enterococcus durans P16 CL A28 [RKNR]
80844
80757
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2011452551
RKPN01000310
Bacillota
Enterococcus avium P18 C A7 [RKPN]
2291
2378
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2011509834
RYZS01000001
Bacillota
Enterococcus avium LC0559/18 [RYZS]
1861387
1861474
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2011553650
SDXR01000094
Bacillota
Enterococcus avium B6 [SDXR]
7709
7796
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2011609706
SJOV01000002
Bacillota
Enterococcus durans SW641 [SJOV]
238920
238833
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2011618097
SLUA01000043
Bacillota
Enterococcus hirae AF002B11 [SLUA]
9079
9166
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2011668399
SPGL01000020
Bacillota
Enterococcus avium 1001175st1_D6 [SPGL]
78164
78251
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2011825693
UGIH01000001
Bacillota
Enterococcus avium NCTC9938 [UGIH]
1990404
1990491
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2012209902
VYUK01000011
Bacillota
Enterococcus durans GH73 [VYUK]
93120
93207
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2012209955
VYUL01000011
Bacillota
Enterococcus durans GH63 [VYUL]
8223
8136
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2012210034
VYUM01000015
Bacillota
Enterococcus durans GH61 [VYUM]
70366
70453
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2012210081
VYUO01000011
Bacillota
Enterococcus durans GH48 [VYUO]
8223
8136
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2012210161
VYUP01000029
Bacillota
Enterococcus durans GH44 [VYUP]
10866
10953
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2012210217
VYUQ01000015
Bacillota
Enterococcus durans GH34 [VYUQ]
8224
8137
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2012210285
VYUS01000029
Bacillota
Enterococcus durans GH29 [VYUS]
10899
10986
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2012210340
VYUT01000015
Bacillota
Enterococcus durans GH27 [VYUT]
70366
70453
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2012210381
VYUX01000009
Bacillota
Enterococcus durans GH102 [VYUX]
93120
93207
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2012212292
VYXM01000011
Bacillota
Enterococcus durans GH50 [VYXM]
8224
8137
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2012407856
WOUC01000040
Bacillota
Enterococcus avium APC2847 [WOUC]
22002
21915
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2012407914
WOUD01000020
Bacillota
Enterococcus avium APC2848 [WOUD]
17765
17678
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2012407973
WOUE01000009
Bacillota
Enterococcus avium APC2849 [WOUE]
18172
18085
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2012481593
WWRN01000013
Bacillota
Enterococcus avium BIOML-A4 [WWRN]
57249
57336
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2012481653
WWRO01000013
Bacillota
Enterococcus avium BIOML-A3 [WWRO]
57249
57336
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2012481709
WWRP01000013
Bacillota
Enterococcus avium BIOML-A2 [WWRP]
57249
57336
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2012481769
WWRQ01000013
Bacillota
Enterococcus avium BIOML-A1 [WWRQ]
57249
57336
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2012499991
WXOO01000033
Bacillota
Enterococcus raffinosus BIOML-A1 [WXOO]
21077
20990
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2110074858
CABGUH010000019
Bacillota
Enterococcus avium 4928STDY7071631 [CABGUH]
22046
21959
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2110157885
JAASHU010000009
Bacillota
Enterococcus sp. K18_3 [JAASHU]
120045
120132
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2110158445
JAASIQ010000038
Bacillota
Enterococcus raffinosus K36 [JAASIQ]
21077
20990
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2110347944
JADNBP010000001
Bacillota
Enterococcus mundtii 1001295B_180824_E1 [JADNBP]
345228
345141
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2110353481
JADNJH010000020
Bacillota
Enterococcus avium 1001175B_160314_D6 [JADNJH]
78164
78251
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2110365205
JADPBC010000054
Bacillota
Enterococcus avium BSD2780061687b_171204_B3 [JADPBC]
23089
23176
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2110366910
JADPDV010000370
Bacillota
Enterococcus avium J1101653_170612_D1 [JADPDV]
1211
1124
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2110512820
JAFLVR010000037
Bacillota
Enterococcus sp. MJM16 [JAFLVR]
2254
2341
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2110512925
JAFLVV010000051
Bacillota
Enterococcus hulanensis DIV0164 [JAFLVV]
5486
5399
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2110512991
JAFLVW010000056
Bacillota
Enterococcus hulanensis DIV0645b [JAFLVW]
2252
2165
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2110513313
JAFLWG010000021
Bacillota
Enterococcus sp. DIV1298c [JAFLWG]
44738
44651
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2110520532
JAFREO010000135
Bacillota
Enterococcus sp. DIV1271a [JAFREO]
5378
5465
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2110620546
JAHLOS010000019
Bacillota
Enterococcus raffinosus N17 [JAHLOS]
75862
75949
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2110620689
JAHLOU010000044
Bacillota
Enterococcus avium N9 [JAHLOU]
22239
22152
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>C211315407
CP072888
Bacillota
Enterococcus raffinosus F162_2 [CP072888]
1811202
1811115
-
Ser
CGA
-
¡û
>W2110727221
JAJCJG010000025
Bacillota
Enterococcus avium DFI.7.74 [JAJCJG]
46960
47047
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2110730510
JAJCNM010000020
Bacillota
Enterococcus avium DFI.2.81 [JAJCNM]
2485
2398
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>C211388378
CP081846
Bacillota
Enterococcus raffinosus CX012922 [CP081846]
1668989
1668902
-
Ser
CGA
-
¡û
>C231490748
CP104392
Bacillota
Enterococcus raffinosus HG-5 [CP104392]
1451121
1451208
+
Ser
CGA
-
¡û
>C231498008
CP104762
Bacillota
Enterococcus raffinosus ATCC 49464 [CP104762]
1870035
1869948
-
Ser
CGA
-
¡û
>C231498037
CP104764
Bacillota
Enterococcus raffinosus Er676 [CP104764]
1480493
1480580
+
Ser
CGA
-
¡û
>W2110775757
VODK01000088
Bacillota
Enterococcus avium L8 [VODK]
7508
7595
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>C241026842
CP024590
Bacillota
Enterococcus avium FDAARGOS_184 [CP024590]
102181
102268
+
Ser
CGA
-
¡û
>W2130011094
JAASJS010000033
Bacillota
Enterococcus gilvus K61 [JAASJS]
20743
20656
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W2310006717
AMDN01000011
Bacillota
Enterococcus mundtii 1A [AMDN]
261726
261639
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W1511440749
JUPQ01000135
Bacillota
Enterococcus hirae 877_EHIR [JUPQ]
12152
12239
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W1511447843
JUZB01000248
Bacillota
Enterococcus avium 639_EFCM [JUZB]
480
567
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W1610021464
ATKJ02000123
Bacillota
Enterococcus raffinosus cftri2200 [ATKJ]
2079
2166
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W1610066534
BCPU01000050
Bacillota
Enterococcus raffinosus NBRC 100492 [BCPU]
21275
21188
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W1610066997
BCQF01000018
Bacillota
Enterococcus pseudoavium NBRC 100491 [BCQF]
16558
16471
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W1610462518
FKLT01000389
Bacillota
Enterococcus faecium [FKLT]
681
768
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W1610789414
LOHT01000306
Bacillota
Enterococcus faecium [LOHT]
8420
8333
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W1610916864
LSMC01000006
Bacillota
Enterococcus mundtii [LSMC]
17768
17681
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W1710018159
ATKJ02000123
Bacillota
Enterococcus raffinosus cftri2200 [ATKJ]
2079
2166
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W1710063872
BCPU01000050
Bacillota
Enterococcus raffinosus NBRC 100492 [BCPU]
21275
21188
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W1710064428
BCQF01000018
Bacillota
Enterococcus pseudoavium NBRC 100491 [BCQF]
16558
16471
-
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W1710461688
FKLT01000389
Bacillota
Enterococcus faecium [FKLT]
681
768
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W1710659115
JXKF01000022
Bacillota
Enterococcus avium [JXKF]
65890
65977
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W1710659442
JXKQ01000013
Bacillota
Enterococcus hermanniensis [JXKQ]
20586
20673
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
>W1710659778
JXLA01000046
Bacillota
Enterococcus raffinosus [JXLA]
6751
6838
+
Ser
CGA
[ENA]
¡û
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